I runda będzie rozgrywana od 26 września do 14 listopada, II runda – między 21 listopada a 30 stycznia 2010 r., runda play-off: 13 luty 2010 r. – 31 kwietnia 2010 r., a turniej barażowy o awans do I ligi – między 16 a 18 kwietnia 2010 r. W grupie III, w której będą rywalizować Ósemka i Wilga, dojdzie do kilku zmian, jeśli chodzi o przeciwników. Grupę opuszczają: Ślepsk Augustów (awans do I ligi) i GTS Stoczniowiec Gdańsk (spadek do III ligi). Nowymi zespołami w tej grupie będą beniaminkowie: Lechia Tomaszów Mazowiecki i AZS UW Warszawa oraz RCS Czarni Radom (przeniesiony z grupy IV) w miejsce MKS Pruszcz Gdański (przeniesiony do grupy I). Od nowego sezonu zmianie ulegnie nazwa zespołu MOS Wola, który ma występować jako AS Białołęka.

Skład III grupy II ligi w sezonie 2009/2010: AZS UW Warszawa, AS Białołęka, Pekpol Ostrołęka, AZS UWM II Olsztyn, KKS Armat Kozienice, SKF Legia Warszawa, Lechia Tomaszów Mazowiecki, RCS Czarni Radom, GTS Wilga Garwolin, Ósemka Siedlce.